ด่านตรวจคนเข้าเมืองพิบูลมังสาหาร ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2474 โดยมีฐานะเป็นเพียงด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอพิบูลมังสาหาร ตั้งอยู่ที่เมืองโพนทอง จังหวัดจำปาสักมีนายอุตรา เสนีย์วงศ์ ณ อยุธยาเป็นตรวจคนเข้าเมืองอำเภอพิบูลมังสาหารคนแรก ต่อมาเมื่อ พ.ศ. 2486 รัฐบาลไทยได้โอนดินแดนจังหวัดจำปาสักให้แก่ประเทศฝรั่งเศส จึงได้ย้ายที่ทำการไปตั้งอยู่ที่อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานีโดยมีด่านในปกครองจำนวน 1 ด่าน คือด่านพรมแดนบ้านหนองเม็ก อำเภอพิบูลมังสาหารจังหวัดอุบลราชธานี
พ.ศ. 2486 รัฐบาลไทยได้เสียดินแดนจำปาสักให้แก่ฝรั่งเศส จึงย้ายที่ทำการพิบูลมังสาหารไปตั้งอยู่ที่ จังหวัด อุบลราชธานี โดยมีด่านในปกครอง 1 ด่าน คือ ด่านพรมแดนช่องเม็ก
พ.ศ.2492  ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอพิบูลมังสาหาร ได้ถูกยกฐานะให้เป็นด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุบลราชธานี ตั้งอยู่ที่อำเภอพิบูลมังสาหาร โดยมี พ.ต.อ.(พิเศษ) บุญเรือง ศศะสมิต เป็นตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดคนแรก (ขณะนั้นเป็น นายบุญเรื่อง ศศะสมิต ภายหลังได้โอนมาเป็นข้าราชการตำรวจและเกษียณอายุราชการในตำแหน่ง รองผู้บังคับการตรวจคนเข้าเมือง)
 

พ.ศ. 2494 ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุบลราชธานี ได้เปลี่ยนเป็น “ ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอพิบูลมังสาหาร” ตั้งอยู่ที่อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี ตามประกาศกรมตำรวจเรื่อง กำหนดสถานที่ตั้งด่าน เขตท่าสถานี หรือตำบลและเวลาให้บุคคลหรือพาหนะเดินทางเข้ามาหรือออกไปนอกราชอาณาจักร ผ่านการตรวจของพนักงานเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมือง ( รจ. เล่ม 68 หน้า 2377 วันที่ 12 มิถุนายน 2549)

พ.ศ. 2503 ด่านตรวจคนเข้าเมืองอำเภอพิบูลมังสาหาร ได้ยกฐานะเป็น “ ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุบลราชธานี” ตามประกาศกรมตำรวจ เรื่อง กำหนดที่ตั้งด่านตรวจคนเข้าเมือง และช่องทางให้บุคคลเข้ามาในหรือออกนอกราชอาณาจักร และกำหนดให้บุคคลและพาหนะที่จะเข้ามาหรือออกไปนอกราชอาณาจักร ผ่านการตรวจของพนักงานเจ้าหน้าที่ตรวจคนเข้าเมืองในท้องที่จังหวัดต่าง ๆ รวม 31 จังหวัด (รจ. เล่ม 77 หน้า 1653 วันที่ 5 กรกฎาคม 2503)
 
 พ.ศ.2505 ได้มีประกาศของกระทรวงมหาดไทยเมื่อวันที่ 23 ตุลาคม 2505 ให้ย้ายด่าน พรมแดนบ้านหนองเม็ก อำเภอพิบูลมังสาหาร ไปตั้งที่พรมแดนช่องเม็ก อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี ตามประกาศราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 79 ตอนที่ 99 หน้าที่ 1653 ลงวันที่ 6 พฤศจิกายน 2505
 
พ.ศ.2518  ประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว ได้เปลี่ยนแปลงการปกครองจากระบอบประชาธิปไตย เป็นระบอบสังคมนิยม กระทรวงมหาดไทยจึงได้ประกาศปิดพรมแดนที่ด่านตรวจคนเข้าเมืองช่องเม็ก อำเภอพิบูลมังสาหาร
พ.ศ. 2523 ได้ย้ายที่ทำการจากอาคารไม้หลังเก่ามาอยู่ที่อาคารหลังปัจจุบัน  


พ.ศ.2532 รัฐบาลไทยมีนโยบายที่จะส่งเสริมความสัมพันธ์กับประเทศสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว กระทรวงมหาดไทยจึงได้ประกาศเปิดจุดผ่านแดน ที่ด่านตรวจคนเข้าเมืองช่องเม็ก อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี เป็นจุดผ่านแดนถาวร ตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม 2532 เปิดทำการระหว่างเวลา 06.00 น ถึง 18.00 น. ทุกวัน ต่อมาเมื่อวันที่ 3 มกราคม 2535 ตำบลนิคม อำเภอพิบูลมังสาหาร ได้ถูกยกฐานะให้เป็นอำเภอสิรินธร จังหวัดอุบลราชธานี
 พ.ศ.2536  ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย ฉบับที่ 22 พ.ศ.2536 ได้ยกฐานะกองตรวจคนเข้าเมืองขึ้นเป็นสำนักงานตรวจคนเข้าเมือง ทำให้ด่านตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุบลราชธานี เปลี่ยนมาเป็นด่านตรวจคนเข้าเมืองพิบูลมังสาหาร กองตรวจคนเข้าเมือง 3 โดยมีหัวหน้าด่านตำแหน่ง รอง ผกก.
 พ.ศ.2540  กรมตำรวจได้มีคำสั่งปรับตำแหน่งหัวหน้าด่านจากตำแหน่ง รองผู้กำกับการ เป็น หัวหน้าด่าน เป็นตำแหน่ง ผู้กำกับการเป็นหัวหน้าด่าน
 พ.ศ.2548  สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง สำนักงานตำรวจ แห่งชาติ ได้ปรับปรุงโครงสร้างใหม่โดย ยุบกองตรวจคนเข้าเมือง 3 เป็นศูนย์ตรวจคนเข้าเมือง จำนวน 4 ภาค ด่านตรวจคนเข้าเมืองพิบูลมังสาหาร ศูนย์ตรวจคนเข้าเมืองภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ พ.ศ.2548
 พ.ศ.2552  ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดอุบลราชธานี ตั้งขึ้นตามประกาศสำนักงานตำรวจแห่งชาติ เรื่อง การกำหนดหน่วยงานและเขตอำนาจการรับผิดชอบ กฎกระทรวง หรือเขตพื้นที่การปกครองของส่วนราชการ ประกาศ ณ วันที่ 7 กันยายน 2552 เป็นหน่วยงานอยู่ในสังกัด กองบังคับการตรวจคนเข้าเมือง 4 สำนักงานตรวจคนเข้าเมือง สำนักงานตำรวจแห่งชาติ มีสถานที่ตั้งอยู่ที่ 26 ถ.สถิตย์นิมานกาล ต.พิบูล อ.พิบูลมังสาหาร จว.อุบลราชธานี